В 1996-2002 я работал в Центре ЯМР ИОХ РАН над ЯМР-спектроскопическим установлением структуры бактериальных гликополимеров в группе д.х.н. Ю.А. Книреля (в том числе как аспирант под руководством д.х.н. А.С. Шашкова). Наши систематические структурные и иммунологические исследования направлены на выяснение корреляции между структурой О-антигенов и иммуноспецифичностью штаммов, что важно в аспекте возможности создания синтетических диагностикумов, вакцин и иммуностимуляторов.

Помимо основного направления деятельности (структурные исследования Proteus), была также установлена структура О-антигенов других грам-отрицательных бактерий (см. ниже).

Остальные проекты, в которых я принимал существенное (или единственное) участие:

• Разработка алгоритма, программного продукта и баз данных ("BIOPSEL") для предсказания первичной структуры гликополимеров на основании данных ¹³С ЯМР в автоматическом режиме (2000-2005, диссертация в 2001).
• Математическое моделирование пространственной структуры пептидогликана бактериальной клеточной стенки (2003-2004), профинансировано Исследовательским Центром Борстель.
• Разработка структурно-библиографической базы данных по бактериальным углеводам ("BCSDB", 2004-2005), профинансировано Международным Научно-техническим Центром (ISTC).
• ЯМР-исследования прочих соединений (металлоорганические комплексы, бактериопурпурин, изомерия гидразонов и т.д.)

В рамках исследований бактериальных О-антигенов моя часть работы состоит в установлении структуры гликополимеров внешней мембраны с помощью спектроскопии ЯМР. В настоящее время спектроскопия ЯМР является единственным методом, позволяющим быстро и бездеструктивно получить информацию о структуре таких соединений. Приблизительную схему ЯМР-исследования природных гликополимеров можно посмтореть здесь.. Изучение структуры провидилось на спектрометрах фирмы Bruker (WM250, AM300, DRX500) и включало следующие эксперименты:

Эксперимент ЯМР	Его результат
1D 13C ЯМР	предварительные данные о структуре, эффекты гликозилирования (=> позиции замещения, абсолютные конфигурации остатков)
1D 1H ЯМР	анализ протон-протонных КССВ (=> мономерный состав, аномерные конфигурации остатков)
1D 31P ЯМР	выявление фосфосодержащих неуглеводных заместителей
1D H-Gated 13C ЯМР	аномерные конфигурации остатков, размеры окисных циклов
1D Attached Proton Test	отнесение сигналов метиленовых групп
2D 1H,1H COSY	выявление вицинальных протон-протонных взаимодействий (=> отнесение спектра 1H ЯМР)
2D 1H,1H Double Quantum Filter COSY	упрощение спектра COSY за счет подавления диагональной линии
2D COSY с переносом когерентности (RCT, RCT2)	выявление дальних протон-протонных взаимодействий (=> отнесение спектра 1H ЯМР)
2D TOtal Correlation SpectroscopY	выделение подспектров спиновых систем (мономеров) из спектра 1H ЯМР
1D 1H разностный двойной резонанс	установление формы сигналов (=> тонкое отнесение спектра 1H ЯМР)
2D 31P,1H COSY	локализация фосфосодержащих заместителей в повторяющемя звене
2D 13C,1H COSY	выявление прямых углерод-протонных взаимодействий (=> отнесение спектра 13C ЯМР)
2D 1H,13C Heteronuclear Multiple-Quantum Coherence	выявление прямых протон-углеродных взаимодействий и измерение гетероядерных КССВ (=> отнесение спектра 13C ЯМР)
2D Heteronuclear Multiple-Bond Correlation	выявление дальних протон-углеродных взаимодействий, в том числе трансгликозидных (=> последовательность остатков)
2D NOE SpectroscopY	выявление пространственных протон-протонных контактов в олигомерах, в том числе трансгликозидных (=> позиции замещения, последовательность остатков)
2D Rotating frame nuclear Overhauser Effect SpectroscopY	выявление пространственных протон-протонных контактов, в том числе трансгликозидных (=> позиции замещения, последовательность остатков)
1D разностная спектроскопия NOE	тонкий анализ пространственных протон-протонных контактов

Структурные исследования О-антигенов финансировались более чем 10 грантами РФФИ и INTAS (список можно посмотреть здесь).

Публикации : прочие

Дом : Наука

 
Последнее обновление: 2005      Домой       Бонус:  Цвета солей